Lindblum. Hilda наконец сможет превратить Сида обратно в человека. Она расскажет что Kuja не из этого мира. Он с Terra, а эта планета называется Gaia и он хочет стать с ее помощью еще сильнее. Проход в этот мир находится в Shimmering Islands но он пока закрыт и никто не может через него пройти. Партия готовится отправиться в замок Ipsen. Zidane наконец-то находит Dagger в Alexandria.
В замке вся команда: Steiner и Vivi, Amarant и Freya, Eiko и Dagger, Zidane и Quina вскрывают проход и через Shimmering Islands достигают Terra.
Здесь их ждет Garland, который после их прихода сразу исчезнет. Zidane с командой достигают Bran Bal и видят здесь Invincible…Dagger слабеет…но удивительное открытие на лицо. Планета кишит клонами Zidane, они называют себя геномами. Геномы пусты, они без эмоций, но у Zidane была цель и из-за этого он отличен от них.
Zidane встречает Garland в Pandemonium. Garland рассказывает о планах превратить Gaia в Terra и о том что Zidane и Kuja специальные геномы. Garland также говорит что Kuja – временный солдат, заменяющий Zidane пока он рос. Но Kuja не мог с этим смирится, и отправил Zidane на Gaia в надежде, что он там сгинет, прежде чем займет его место. Zidane не верит ему и старику приходится погрузить его в сон.
После пробуждения Zidane начинает думать обо всех тех вещах, которые он узнал и малость сходит с ума от всего происходящего. Партия приводит его в чувства, и все вместе отправляются на бой с Garland. После того как разберетесь со стариком, появится Kuja, который теперь управляет Invincible.
После того как Kuja осознает, что не сможет победить вас, он использует магию Ultima и почти уничтожает всю планету. Вся партия и геномы в последний момент смогут ускользнуть из этого мира на своем летательном аппарате.
При возвращении в Gaia они замечают, что вся планета в тумане.
После оставления геномов в Black Mage Village партия мчится к Iifa Tree…они входят в Memoria. Memoria – место, где воспоминания начинаются сначала. Они восстанавливают здесь по частицам все моменты с начала времен и наконец достигают конца своего путешествия. Вы должны спасти Crystal от разрушения, так как он поддерживает весь этот мир в балансе.
В очень сложном сражении Kuja побежден, но его Ultima Attack истощает все ваши силы.
Звучит странный голос и Necron говорит с Zidane и его командой о том, что он хочет использовать кристалл, чтобы стереть с лица земли этот мир и создать на его месте новый.
Zidane бросается в последний и самый сложный бой. Прежде чем взрыв, вызванный Necron, задевает партию, Kuja телепортирует вас в безопасное место.
Снаружи Memoria, Сид на борту Hilda Garde 3 и Beatrix на борту Red Rose терпеливо ожидают своих друзей. Все садятся на борт Hilda Garde но Zidane возвращается чтобы спасти Kuja…